Un élément central du fonctionnement de Géoclip, c'est le référentiel géographique. En France, il est basé sur le Code Officiel Géographique. Géré par l'Insee, ce dernier définit les unités géographiques par un code et un libellé : communes, cantons, arrondissements, départements, régions, collectivités d'outre-mer. C'est le référentiel géographique qui permet de faire le lien entre les données statistiques et les fonds de carte, à partir du code géographique, identifiant unique associé à chaque unité.

Naturellement, les données statistiques font l'objet de mises à jour périodiques, ce qui permet de mesurer l'évolution des phénomènes dans le temps. De son côté, le Code Officiel Géographique (COG)  évolue aussi et fait l'objet d'une mise à jour chaque année. Généralement, les modifications d'un an sur l'autre ne concernent qu'un faible nombre de communes. L'année 2015 est exceptionnelle car ce sont plus de 1 000 communes qui ont fusionné dans l'année pour former 317 communes nouvelles, profitant de mesures incitatives mises en place dans le cadre de la réforme territoriale.

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